Πολλά κτίρια με γοτθικά χαρακτηριστικά χάθηκαν στην καταστροφή της πόλης από uluc Αλή το 1571, ενώ το Ρέθυμνο ξανακτίστηκε σχεδόν στο σύνολό του κατά το τρίτο τέταρτο του 16ου αιώνα.

Πολλά ωραία παραδείγματα της τουρκικής αρχιτεκτονικής διατηρούνται διάσπαρτα γύρω από τα στενά δρομάκια της παλιάς πόλης.

Κύριο χαρακτηριστικό τους είναι η βαριά χρήση του ξύλου, στυλ το οποίο άλλαξε κατά τα χρόνια της Τουρκοκρατίας (1646-1898) και η λαξευτή πέτρα και των Ενετών αντικαταστάθηκε από ένα ξύλινο πλαίσιο που γεμίζεται με μπάζα και λάσπη (μπαγδατί). Οι τοίχοι ήταν τότε πολύ μεγάλοι . Ο επάνω όροφος έργα προεξείχε σχεδόν πάντα πάνω από τον δρόμο (sahnesi) και ήταν επενδεδημένος με ξύλο (καφασοτό).

Στο Ρέθυμνο οι Τούρκοι μετέτρεψαν τα ενετικά δημόσια κτίρια σε ιδιωτικά, τα οποία και τροποποίησαν σύμφωνα με τις ανάγκες τους.
Σήμερα η παλιά πόλη του Ρεθύμνου αποτελεί ζωντανό μουσείο μνημείων των τελευταίων αιώνων. Παρά τις καταστροφές που υπέστη στον Β ‘Παγκόσμιο Πόλεμο, πολλά ενετικά και τούρκικα μνημεία διατηρήθηκαν, καθώς η πόλη δεν έχει πληγεί από σεισμούς.